東西の神殿
本殿は、右（東殿）に賀茂別雷命（上賀茂神社祭神）の母の玉依姫命、
左（西殿）に賀茂別雷大神の祖父（玉依姫命の父）である賀茂建角身命を祀る。
このことから賀茂御祖神社の名が付いた。
金鵄および八咫烏は賀茂建角身命の化身である。
清めの聖水
境内の御手洗社の前に湧き出ている池「みたらし池」があり、
神事にも利用されている。
御手洗社の水は葵祭の斎王代清めの聖水で、
飲料することができる。
御手洗社にある水に浸すと浮かび上がるおみくじ「水みくじ」で、
みたらし池に浸して占うことができる。
この池がみたらし団子の起源となっている説も。
干支の守護神
言社は干支の守護神としても有名で古くから信仰をあつめていて、
ネ年からイ年までの生れ年の守護神として、
それぞれにお社と御神徳がある。
縁結びの神
相生社（あいおいのやしろ）には2本の木が途中から1本に繋がった「連理の榊」と呼ばれる神木があり、縁結びの神として有名。
手鏡の形をした鏡絵馬
女性守護としての信仰を集める河合神社は
ご祭神には神武天皇の母、玉依姫命をお祀りし、
玉依姫命は玉の様に美しい事から美麗の神としての信仰も深い。
手鏡の形をした絵馬に自身の表情を描き、
裏に願意を書くことで
外見だけでなく内面も磨いて美しくなるよう願いを託せる。
縄文時代からの森
史跡「糺の森」は縄文時代から京都の中心で今も生き続ける広さ３万６千坪の森。
市街地の貴重な森として親しまている。